Beberapa jurnal (termasuk jurnal terbitan dari Indonesia, yang juga terdaftar di Scopus/ScimagoJr dan jurnal nasional terakreditasi) dihapus dari daftar indeksasi DOAJ dengan alasan sebagai berikut:
Suspected editorial misconduct by editor
Journal not adhering to best practices
Website URL no longer works
Cease publishing
Jurnal-jurnal dari Indonesia yang sudah dihapus antara lain tertanggal: